Pierwszą świątynię (kaplica pw. NMP i św. Barbary i św. Zofii) zbudował w 1396 wójt lubelski Wawrzyniec. Powstała na gruncie ofiarowanym przez wdowę o imieniu Woyczecha. Przy końcu XIV wieku, wdowa przekazała miastu swój majątek (trzy łany pola i dom z zabudowaniami) pod warunkiem wybudowania tu kaplicy. Fundację świątyni zatwierdził i kaplicę poświęcił bp krakowski Piotr Wysz. Posługę duszpasterską pełnił zwykle jeden kapłan, w ówczesnej terminologii zw. prebendarzem.
Była to świątynia złożona z prezbiterium, zakrystii, korpusu nawy i kaplicy. Według Jerzego Siennickiego kaplica mogła istnieć w miejscu później wzniesionej wieży. Zdaniem ks. Wadowskiego mieściła się na terenie kaplicy północnej pw. Najświętszej Maryi Panny.
Z najnowszych ustaleń wynika, że gotyckie prezbiterium pokrywa się w rzucie z dotąd istniejącym, że było dwuprzęsłowe, od początku zamknięte od wschodu trzema ścianami dziesięcioboku, przykryte sklepieniem krzyżowo-żebrowym, opięte przyporami, doświetlone oknem od wschodu, oraz oknami od południa i jednym od północy. Elewacje prezbiterium i ściany przypór obiegał kamienny gzyms.
Z prezbiterium powstał aneks północny, pełniący funkcję zakrystii, w które było mieszkaniem Gertrudy Firlej z Opalińskich matki przyszłej ksieni Doroty. Zewnętrzne ściany zakrystii były spięte gzymsem, ale umieszczonym niżej niż na północnej elewacji prezbiterium, a obie budowle obiegał niski cokół jednakowej wysokości. Na początku XV wieku, zniszczeniu albo rozebraniu uległa północna i zachodnia ściana tego korpusu.
1396 – Woyczecha wdowa po Dominiku przekazała na cele religijne 3 łany pola z zabudowaniami. Rajcowie lubelscy udali się do Piotra biskupa krakowskiego z prośbą o wyrażenie zgody na budowę kościoła NMP i św. Barbary, św. Zofii i uposażenie prebendarza.
Sam biskup w otoczeniu prałatów i doktorów krakowskich dopełnił obrzędu założenia kościoła. Pierwszym prebendarzem został ks. Maciej. Rajcy lubelscy uczynili stosowny zapis odnośnie uposażenia w sądzie wójtowskim lubelskim.
1406 Piotr biskup krakowski i Jakób biskup wileński nadają odpusty temu kościołowi, nazywając go kaplicą św. Zofii i dodając że tę kaplicę zbudował Warzyniec wójt lubelski
15 lipca 1410 r. zwycięstwo oręża polsko-litewskiego pod wodzą króla Władysława Jagiełły nad Krzyżakami pod Grunwaldem i Tannenbergiem. Król pamiętał, że Bogu zawdzięcza to zwycięstwo, które zakończyło wiekowe krzywdy i powstrzymało drapieżne zapędy Krzyżaków.
Po zwycięskiej bitwie mistrzowie życia duchownego wyjaśnili królowi, że klęskę Krzyżakom przepowiedziała św. Brygida Szwedzka, dlatego też król postanowił wybudować pomnik wdzięczności Bogu powierzając go opiece zakonowi założonemu przez św. Brygidę.
Wejście do tej kaplicy możemy oglądać w tzw. „kapsule czasu”, które znajduje się w nawie głównej w pobliżu wejścia do świątyni. Makieta kaplicy z 1396 r. znajduje się w wieży kościoła, obok niej została ustawiona makieta kościoła z czasów współczesnych.