Świątynię wraz z klasztorem oddał w roku 1426 król Władysław Jagiełło zakonnikom i zakonnicom św. Brygidy, tym samym zobowiązując kapłanów zakonnych do odprawiania mszy świętych za króla, jego następców i o pomyślność państwa polskiego. W celu godnego sprawowania liturgii i kultu religijnego król hojnie wyposażył kościół w paramenty liturgiczne, złote kielichy, krzyże, puszki wysadzane drogimi kamieniami oraz drogocenne kapy i ornaty.
W 1429 r. w Vedsteinie odbył się zjazd kapitulny, na którym lubelska kongregacja była reprezentowana przez brata Stefana z Niemiec. Podczas zjazdu władze zakonu uznały zapis królewski za niewystarczający i wysunęły dalsze żądania co do jego uposażenia. Jak napisano w punkcie 8 uchwalonych „Ordinationes”: „klasztor założony przez króla polskiego (…) jest założony nieodpowiednio, należy napisać do JKM, aby raczył go przenieść w inne, dogodniejsze miejsce, mieszkania zakonne lepiej urządzić i zaopatrzyć fundację w bogatsze uposażenie, w przeciwnym razie klasztoru tego i tej fundacji zakon się wyrzeknie”. Jak słusznie zauważa ks. Jan. A. Wadowski w swoim dziele „Kościoły lubelskie”(str.420), źródłem niechęci do królewskiej fundacji jej pierwszych mieszkańców było ich niemieckie pochodzenie. Negatywne nastawienie do lubelskiej fundacji władz zakonnych rzutowało także na nastroje wewnątrz samego konwentu. Jak pisze Jan Długosz w Liber beneficjorum, (t.3, str.302) w klasztorze miały miejsce liczne spory, skandal i czyny haniebne, zaś wszelkie kosztowności i paramenta liturgiczne, w które klasztor został wyposażony za życia króla Jagiełły, bracia zakonni wywozili do Gdańska. Taki stan rzeczy utrzymywał się, jak kontynuuje Długosz, do czasu, aż w szeregi braci zakonnych wstąpili Polacy. Dzięki wybraniu na przeora Marcina z Karniowic, „klasztor ów i w rzeczach duchowych i doczesnych dobrze zarządzając przyprowadził ponownie do obserwacji”.
W odpowiedzi na zarzuty kapituły, król w 1432 r. wystawił dokument, w którym potwierdził erekcję fundacji klasztornej i jej uposażenie, oraz zwiększył je, oddając klasztorowi na własność wieś Poniatowo oraz przyległe łany pola, powiększono również sam gmach klasztorny.
Struktura organizacyjna powstałej w Lublinie kongregacji zachowała niepowtarzalny dla tego zgromadzenia charakter. Zakon bowiem miał nietypową, jak na czasy średniowieczne strukturę, składał się z dwóch żyjących obok siebie wspólnot, męskiej i żeńskiej. Wspólnota żeńska składała się z 60 sióstr, męska z 13 kapłanów, 2 diakonów, 2 subdiakonów i 8 braci. W założeniach św. Brygidy Zakon miał być obrazem wspólnoty pierwotnego Kościoła: 72 uczniów i 12 Apostołów wraz ze św. Pawłem, oddanych opiece Matce Bożej, którą symbolizowała ksieni zakonu. To nawiązanie sprawiło, że w strukturze zgromadzenia przeor był podległy ksieni kongregacji. Tak miała wyglądać wspólnota według założeń, w rzeczywistości nie zawsze tak było. Zakon miał charakter manastyczno-kontemplacyjny i kontemplacyjno–apostolski. Bracia zajmowali się działalnością apostolską i posługą w kościele, natomiast siostry poświęcały się kontemplacji. Tak ukształtowany charakter zakonu oraz jego struktury organizacyjne przetrwały do czasów soboru trydenckiego (1545 – 1563), podczas którego dokonano kasaty męskiej gałęzi zakonu. Ostatni brygidzi zniknęli z Lublina w 1595 r. na polecenie króla Zygmunta III Wazy.
Po śmierci fundatora, króla Władysława Jagiełły, kościół i klasztor św. Brygidy nadal był otaczany opieką monarchów: króla Kazimierza Jagiellończyka, króla Jana Olbrachta, Aleksandra Jagiellończyka, Zygmunta Starego.
1 lipca 1569 roku na zamku podpisany został akt Unii Lubelskiej, dobrowolnego połączenia się Litwy z Polską. Przyjechali tu przedstawiciele wielu państw zagranicznych wraz z dygnitarzami, rycerstwem i szlachtą. Legat papieski Postini i kardynał Hozjusz mieszkali w Panien Brygidek.
W okresie Jagiellonów Lublin przeżywa swój renesans. Staje się jednym z najważniejszych ośrodków handlowych w Rzeczpospolitej i odgrywa ważna rolę w kontaktach ze Wschodem. Niemal europejską sławą cieszy się ustanowiony w 1392 r. przez króla Władysława Jagiełłę jarmark. Powstaje tu wiele pałaców magnackich, dworów bogatych mieszczan, kwitnie handel, przemysł, odbywają się sejmy, sądy trybunalskie, przebywa ze świtą król, mający siedzibę na zamku.
Zyskuje także na tym lubelski klasztor Brygidek. Od 2 poł. XV w. wyraźnie widać jego rozwój, któremu towarzyszą gorliwe zabiegi o pomnażanie jego stanu posiadania. Do miejskiej nieruchomości pierwotnie nadanej przez króla, zostają dokupione graniczące z nią kolejne grunty, z których powstała własna jurydyka, tzw. Jurydyka Panny Maryi, obejmująca całą południowo-zachodnia połać późniejszego miasta. Otwierając swoje podwoje dla panien najzamożniejszych polskich domów, klasztor zyskuje ich wielkie posagi. Wzrasta także zamożność klasztoru dzięki nieustannym ofiarom, zapisom i darowiznom mieszczan lubelskich oraz przywilejom królewskim.
Wiek XVII to dla Rzeczpospolitej czas wojen, które na wschodnich rubieżach szczególnie dawały się we znaki jej mieszkańcom. Także klasztor lubelski był wielokrotnie plądrowany i rabowany podczas wojennej zawieruchy. Pomimo trudnych czasów klasztor w Lublinie stał się domem macierzystym wielu polskich konwentów, zwłaszcza na wschodzie kraju, m. in. w Warszawie, Lwowie, Łucku i Grodnie. Do klasztoru zaś przybywało wiele pobożnych panien ze znakomitych rodów lub bogatych mieszczan z całej Polski, m.in. Gertruda z Opalińskich Firlejowa, Teofila z książąt Czartoryskich, księżna Ogińska, Konstancja z Gąsiewskich Domaniewska, Celestyna z Sarbiewskich Słoniewska i inne. A szereg zasłużonych ksieni rozpoczynają Agnieszka Jastkowska i Dorota Firlejowa, córka wspomnianej Gertrudy.
Rozkwit klasztoru rzutuje też na dbałość o dobra doczesne. W XVI w. przeprowadzono wiele prac budowlanych przy kościele i klasztorze. Dobudowano wieżę kościoła, zmieniono dach kościoła z dachówki na blachę miedzianą, dobudowano korytarzyk łączący klasztor z chórem kościelnym, strop zastąpiono sklepieniami, a w prezbiterium sklepienie przyozdobiono ozdobną sztukaterią. Gertruda Firlejowa zbudowała pod prezbiterium kościoła podziemia – krypty dla chowania ciał zmarłych sióstr oraz ufundowała 5 nowych ołtarzy w stylu renesansowym, czarne, ze złoconymi rzeźbami i figurami. Ustawiono również stalle z obrazami przedstawiającymi życie i czyny św. Brygidy.
W ołtarzach były obrazy: św. Barbary, św. Zofii, Pana Jezusa ukrzyżowanego, św. Brygidy, Matki Bożej Wniebowziętej – dwa ostatnie przetrwały do dnia dzisiejszego.
Za czasów króla Jana Kazimierza Lublin staje się celem licznych napadów kozackich, tatarskich, moskiewskich i szwedzkich. Siostry zakonne zmuszone były opuszczać kilka razy swój klasztor. W 1655 r. ksieni Dorota Firlejówna uciekając przed najeźdźcami zabrała ze sobą dokumenty kościelne, akt erekcyjny kościoła, przywileje królewskie oraz naczynia i kosztowności skarbca i zakrystii. W drodze niedaleko Jastkowa została napadnięta przez Moskali i Kozaków. Kosztowności zostały zrabowane a dokumenty spalone.
Wiek XVIII w. w dziejach Polski to nadal czas wojen i regresji gospodarczej. Odbija się to na jakości życia społecznego. Wyniszczony wojnami, epidemią i pożarem Lublin zaczyna okres stagnacji. Rok 1732 przerywa na chwile ciche życie zakonne kongregacji św. Brygidy. Siostry Brygidki udzielają gościny Siostrom Wizytkom, które przybyły do Lublina w 1723, gdyż pożar strawił klasztor Wizytek i kościół Serca Jezusa.
29 kwietnia 1736 wielki pożar zniszczył prawie ¾ klasztoru. Staraniem ksieni Teofilii Dłużniewskiej klasztor został odbudowany. Jednak pod koniec XVIII w. królewska fundacja chyliła się ku upadkowi. Nastaje trudny czas rozbiorów Polski. Z zakrystii kościoła przetopiono srebra i kosztowności kościelne.
W okresie Księstwa Warszawskiego z polecenia rządu ograniczono przyjmowanie osób do stanu zakonnego. W roku 1819 ogłoszono kasatę zakonów, wśród których znalazł się także klasztor Brygidek. Zabrane zostały na rzecz skarbu państwa pozostałe nieliczne już kosztowności, a na utrzymanie zakonnic wyznaczono niewielkie pensje. Taki był smutny koniec fundacji królewskiej, która miała być żywym pomnikiem narodzin narodu pod Grunwaldem, skarbcem dla przechowania imienia wielkiego króla i sławy polskiego oręża.
I jak niegdyś Lublin tworzył liczne klasztory św. Brygidy w Rzeczpospolitej, tak teraz stał się jego grobem, przyjmował bowiem w swe mury pozostałe do wymarcia siostry z różnych miejsc naszej Ojczyzny. W 1833 odbyła się konsekracja ostatniej ksieni, która w wieku 101 lat umiera w roku 1870 r. Jej doczesne szczątki spoczęły w krypcie kościoła. Taki był koniec fundacji króla Władysława Jagiełły, którą przypominała o zwycięstwie nad Krzyżakami na polach Grunwaldu.
Z inicjatywy króla Władysława Jagiełły w sąsiedztwie kościoła został wybudowany klasztor Brygidów i SS. Brygidek, których sprowadzono z Gdańska. Wierzono, że klęskę Krzyżaków przepowiedziała już w swoich pismach św. Brygida. Sam Władysław Jagiełło wyrażał przekonanie, że on sam jest zapowiedzianym wiele lat wcześniej przez nią wodzem, który miał ukarać zakon za dokonane zbrodnie, co też i uczynił.
Zgodnie z tym, co głosi tradycja, zasady funkcjonowania zakonu pw. Najświętszego Zbawiciela (tzw. brygidki) zostały objawione św. Brygidzie przez Chrystusa. Oryginalnym jego rysem było to, że w monasterach żyli obok siebie, rozdzieleni murem klasztornym brygidzi i brygidki, przy czym zwierzchność w klasztorze sprawowała ksieni. Reformy trydenckie zlikwidowały jednak odłam męski (koniec XVI wieku). Konwent lubelski był jednym z pierwszych klasztorów brygidiańskich w Polsce, obok istniejących już w Gdańsku i Elblągu. W przeciwieństwie jednak do dwu pozostałych, które zmagały się z problemami finansowymi czy organizacyjnymi, zakon w Lublinie rozwijał się w dogodnych warunkach i przez długie lata był jedynym konwentem żeńskim na wschód od Wisły.
Czas pobytu sióstr brygidek w Lublinie i wprowadzane wówczas elementy architektoniczne w świątyni, można podzielić na dwa okresy:
gotycki (- dekoracja malarska wnętrza (strych, chór muzyczny), obraz św. Brygidy, krucyfiks, kamienna płyta nagrobna)
**renesansowo-barokowy (**obrazy w stallach z historia życia św. Brygidy, obrazy emblematyczne, wystrój prezbiterium, pojedyncze obrazy- pierwotnie ołtarzowe.
Nowa XVII wieczna koncepcja wystroju i wyposażenia kościoła uwzględniała ciągłość klasztoru brygidek w Lublinie, bez odłamu męskiego i zarządzanego przez mniszki polskiego pochodzenia. Za rządów ksieni Doroty Firlejówny 1631-1660 nastąpiły istotne zmiany, zarówno w bryle kościoła jak i jego wnętrzu. Największe zmiany nastąpiły w prezbiterium, gdzie w miejscu sklepienia średniowiecznego powstało nowe sklepienie kolebkowe z lunetami, ozdobione dekoracją sztukatorską i malarską w duchu renesansu lubelskiego.
Wybudowanie sklepień zniszczyło dekorację ścian, a obraz św. Brygidy w latach 1640-48 stał się elementem nowego ołtarza wybudowanego łącznie ze stallami. Wyposażenie prezbiterium w nowy ołtarz i połączone z nim stalle, pozwolił na umieszczenie w meblach obrazów. Wykonano pięć ołtarzy,w tym główny z obrazem Wniebowzięcia NMP, jak również nową ambonę oraz balustrady zdobione przedstawieniami emblematycznymi przed ołtarzem głównym i na chórze zakonnym. Do naszych czasów wyposażenie to nie przetrwało, ale zachowały się, choć rozproszone we wnętrzu kościoła i w niepełnym stanie, obrazy, w które były wprawione w ołtarze i stalle. Ich tematyka związana była z osobą św. Brygidy Szwedzkiej oraz dzieła jej życia – zakonu Najświętszego Zbawiciela.
Pierwotnie stalle „dochodziły” do ołtarza głównego i miały po prawej osiem obrazów, po lewej dziewięć. W stallach w prezbiterium znajdowały się przedstawienia ilustrujące dzieje życia św. Brygidy Szwedzkiej. Dziś możemy je oglądać w tym samym miejscu, ale w nowych stallach o innej strukturze i w innym układzie. Poszczególne sceny w sposób chronologiczny opisują życie Świętej, choć nie ilustrują oczywiście wszystkich, chociażby najważniejszych wydarzeń z jej życia. Autor cyklu wybrał takie, które informują widza o tym, że została wybrana przez Boga do spełnienia ważnej roli w życiu Kościoła oraz o jej własnym dążeniu do świętości. Cykl złożony jest z 17 przedstawień i zachował się w pełni. Większość obrazów ma napisy w języku łacińskim, umieszczone w osobnym polu na dole.
Przy końcu XVIII wieku w wyniku rozbiorów klasztor Brygidek zaczął tracić dobra potrzebne na utrzymanie, a terytoria na których były lokowane przeszły w ręce Austrii. Trudna sytuacja materialna wpłynęła na spadek liczby kandydatek do nowicjatu.
W 1819 roku konwent brygidek w Lublinie został decyzją ministra Stanisława Kostki Potockiego zamknięty, zakonnice pozostawiono na terenie domu klasztornego na dożywocie i zlikwidowano nowicjat. Z 18 zakonnic w 1818 roku, do roku 1832 pozostało 8, a ostatnia zakonnica ksieni Dorota Choińska zmarła w 1870 roku. W wyniku kasaty dobra brygidkowskie przeszły na skarb państwa.
SS. Brygidki sprawowały opiekę nad lubelskim klasztorem w latach 1426-1870. W tym czasie utworzyły stowarzyszenie charytatywne tzw. Bractwo Ubogich mające na celu niesienie pomocy materialnej i moralnej osobom ubogim oraz przeprowadziły szereg gruntownych prac, które zmierzały do rozbudowy świątyni i budynków ją otaczających. Duże zasługi w tym kierunku mają zwłaszcza ksieni Agnieszka Jastkowska (1589-1630) oraz jej następczyni Dorota Firlejówna (1632-1660).
Po roku 1819 zabroniono SS. Brygidkom przyjmowania nowicjuszek. Taki był smutny koniec fundacji królewskiej, która miała być żywym pomnikiem narodzin narodu pod Grunwaldem, skarbcem dla przechowania imienia wielkiego króla i sławy polskiego oręża.
I jak niegdyś Lublin tworzył liczne klasztory św. Brygidy w Rzeczpospolitej, tak teraz stał się jego grobem, przyjmował bowiem w swe mury pozostałe do wymarcia siostry z różnych miejsc naszej Ojczyzny.
W 1870 roku w wieku 101 lat zmarła Dorota Choińska, ostatnia ksieni zakonu SS. Brygidek.
15 lipca 1410 r. nastąpiło zwycięstwo oręża polsko-litewskiego pod wodzą króla Władysława Jagiełły nad Krzyżakami pod Grunwaldem i Tannenbergiem. Król pamiętał, że Bogu zawdzięcza to zwycięstwo, które zakończyło wiekowe krzywdy i powstrzymało drapieżne zapędy Krzyżaków.
Po zwycięskiej bitwie mistrzowie życia duchownego wyjaśnili królowi, że klęskę Krzyżakom przepowiedziała św. Brygida Szwedzka, dlatego też król postanowił wybudować pomnik wdzięczności Bogu powierzając go opiece zakonowi założonemu przez św. Brygidę Szwedzką.
Król Władysław Jagiełło musiał pokonać wiele trudności, aby zrealizować swój plan. Przede wszystkim przekonać przełożonych Zakonu Najświętszego Zbawiciela do swej fundacji złożonej w Lublinie. W klasztorze musiała być określona liczba zakonnic i zakonników.
Wiele trudności napotkał król Władysław Jagiełło ze strony Krzyżaków. Używali wszelkich sposobów aby przełożeni Zakonu Najświętszego Zbawiciela nie wydali zgody na objęcie opieką królewskiej fundacji. Król jednak był bardzo stanowczy i zdecydowany i konsekwentnie dążył do realizacji swych planów.
Po dwuletnich staraniach Stolica Apostolska wydała zgodę na królewską fundację, a Zakon przyjął królewską fundację i na objęcie tejże wysłał swego prokuratora Jana Hoelwasch czy Helwasser. Królewska fundacja powstała w Lublinie, poza murami miasta w kaplicy wzniesionej w 1396 r.
1412 – Marcin Stoegner prebendarz z kaplicy NMP, św. Barbary i św. Zofii, w niedzielę po oktawie św. Marcina zrezygnował ze swych przywilejów na rzecz Zakonu założonego przez św. Brygidę. Król pragnął, aby w tej fundacji – (kościół wraz z klasztorem) przechowywana była wieczna pamięć o królu i jego poprzednikach oraz tych wszystkich którzy zginęli w bitwie z Krzyżakami.
Na żądanie króla zrezygnował prebendarz ze swej kaplicy prebendarskiej i na to zgodzili się obywatele i rajcy miejscy, ale stało się to bez wiedzy i zezwolenia władzy duchownej, a więc nielegalnie. Król musiał zgodzić się na pozostawienia prebendarza z uposażeniem półtora łana ziemi. Król zbudował kościół i klasztor i przygotował mieszkania dla sióstr i braci. I tu pojawiła się kolejna przeszkoda. Nikt z klasztorów w Szwecji i Włoch nie zgodził się na przybycie do królewskiej fundacji. Sprowadzono więc zakonników i zakonnice z klasztoru w Gdańsku. Wszyscy byli narodowości niemieckiej.
1412-1426 murowany kościół – królewski pomnik został wzniesiony na pamiątkę zwycięstwa pod Grunwaldem. Zasadnicza bryła kościoła przetrwała do czasów obecnych. Nie było wieży kościoła i sklepienia, korytarz łączył chór z klasztorem. Stanowiły go: dwie nawy, prezbiterium, kaplica i zakrystia oraz skarbiec. Nawa boczna podzielona dwoma filarami. Ściany całego kościoła były ozdobione malowidłami. Zostały zniszczone w czasie wykonywania sklepień w XVI w. Pozostały tylko na ścianach ponad sklepieniem.
Poniedziałek Wielkanocny 1426 r. w Krasnymstawie został podpisany akt fundacyjny na mocy którego uposażenie klasztoru stanowiły:
Jednocześnie zobowiązał król braci Brygidów będących kapłanami, aby każdy z nich tygodniowo odprawiła 3 Msze św.: za króla, za jego następców i za szczęśliwy stan państwa polskiego.
Od samego początku lubelski klasztor Brygidek posiadał bardzo dobre uposażenie. Obszerna posiadłość ziemska, czynsze pieniężne, serwituty sprawiły że pod względem materialny klasztor był dobrze zabezpieczony i mógł normalnie funkcjonować. Również mieszkańcy otaczali klasztor wielką życzliwością i wspierano go licznymi ofiarami.
1429 r. na kapitule generalnej, na której byli obecni przełożeni klasztorów, m.in. przeor Stefan – przełożony klasztoru lubelskiego został uczyniony zapis w konstytucji: „ponieważ klasztor założony przez króla polskiego na pamiątkę wielkiego zwycięstwa odniesionego przezeń nad Krzyżakami jest nieodpowiednio założony, należy napisać do JKM, aby raczył w inne dogodniejsze miejsce klasztor przenieść, mieszkanie zakonne lepiej urządzić i opatrzyć fundację w bogatsze uposażenie, w przeciwnym razie klasztoru tego i tej fundacji zakon się wyrzeknie”.
Król nie zraził się tymi nowymi przeciwnościami. Postanowił swoją fundację utrzymać za wszelką cenę. Dlatego przystąpił do urządzania wygodniejszego pomieszczenia dla zakonnic i zakonników, zwiększył uposażenie, poczynił nowe darowizny.
1431 r. w dzień św. Mateusza w Bystrzycy ustanowił drugiego rybaka, który miał prawo do łowienia ryb dla klasztoru w stawach lubelskich.
1432 r. po uroczystości św. Stanisława w Kopinie wydał król nowy przywilej na mocy którego obdarza klasztor wsią Krzynnica inaczej zwaną Poniatowa.
1432 r. w poniedziałek po św. Mateuszu Ewangeliście w Lublinie wydaje drugi przywilej fundacyjny.
1459 r. papież Pius II wydał bullę i zatwierdził wszelkie przywileje, wolności i prawa klasztoru lubelskiego.
W pierwszych latach istnienia klasztoru niejaki Wincenty czyli „Wianczek” podmieszczanin lubelski zapisał klasztorowi trzy łany pola na przedmieściu Czwartek.
1535 r. w sobotę przed świętem ścięcia św. Jana Chrzciciela król Zygmunt I wydał przywilej i uwolnił klasztor od wszelkich ciężarów publicznych i przypisał niezależność kościelną.
1510 r. klasztor nabył nową posiadłość ziemską. Niejaki Bartłomiej albo Bartko, obywatel lubelski, będąc właścicielem sześciu łanów pola pod miastem Lublinem, uzyskał w r. 1396 od króla Władysława Jagiełły z powodu swych zasług przywilej zwalniający go i jego potomków od płacenia z tych łanów podatku i wszelkich ciężarów publicznych. Potomek jego Mikołaj, obywatel lubelski za szczególne zasługi wyjednał sobie zatwierdzenie tego przywileju w 1439 r. od Władysława III Wareńczyka. Klasztor z tych sześciu łanów nabył 3 łany, pozostałe 3 dokupił w początkach XVI w.
1589-1630 ksieni Agnieszka Jastkowska zakupiła z posagów wnoszonych przez kandydatki do zakonu wieś Minkowice dolne i górne z folwarkiem.
Klasztor miał liczne posiadłości ziemskie oraz czynsze roczne z zapisu królów lub osób prywatnych. Najwięcej przywilejów konfirmacyjnych udzielił klasztorowi Zygmunt Stary, Stefan Batory i ZygmuntII.
4.07.1661 r. Jan Kazimierz zatwierdza przywileje klasztoru Brygidek w Lublinie, które zostały spisane w formie księgi. Po zaginięciu oryginałów nadawanych przywilejów ta księga stała się główną podstawą prawną.
Od końca XVI w. prowadzono prace renowacyjne w kościele, dobudowano nowy klasztor i mury okalające posiadłość. Wieżę przy frontonie wzniesiono za czasów rządów dwóch ksieni klasztoru: Agnieszki Jastkowskiej (1589-1630) i Doroty Firlejówny (1632-1660).
Ksieni Agnieszka Jastkowska była gorliwą reformatorką, zmurowała trzy części klasztoru, mieszkanie dla Gertrudy z Opalińskich oraz groby dla zakonnic w kryptach, pilnowała skarbca i zakrystii.
Ksieni Dorota Firlejówna, córka Gertrudy Opalińskiej i Jana Firleja kasztelana wojnickiego odnowiła kościół wraz z chórem, sklepienie przyozdobiła sztukaterią, zrobiła nowe ołtarze i dobudowała wieżę obok frontonu i kolejną część klasztoru, którą przyozdobiła sztukaterią. Dachy na kościele, kaplicy i zakrystii pokryto miedzią razem z kopułami na kościele i wieży. Za czasów Wizytek dach pokryto dachówką. Zabezpieczała wyposażenie zakrystii przed wrogami rabującymi klasztor. Musiała wiele razy uciekać z klasztoru przed rabusiami zabierając ze sobą wyposażenie skarbca i zakrystii.
Ołtarze wykonane były z drzewa w stylu odrodzenia, na tle czarnym miały rzeźby i figury pokryte złotem. Ołtarzy było pięć: wielki w prezbiterium, w kaplicy oraz 3 małe: jeden w nawie głównej przy filarze, inny w nawie przy ścianie od strony kaplicy i nawie bocznej. W tym samym stylu była wykonana ambona, balustrada przed wielkim ołtarzem i na chórze. W prezbiterium ustawiono stalle z obrazami przedstawiającymi historię św. Brygidy.
Naczynia do kultu, szaty liturgiczne i różne przedmioty służące ku chwale Bożej lub przeznaczone do ozdoby świątyni miały być bardzo kosztowne, zwłaszcza te które pochodziły z daru Władysława Jagiełły. Wspomina o tym Długosz, że najpiękniejsze i najkosztowniejsze naczynia i szaty pierwsi zakonnicy narodowości niemieckiej wywieźli do Gdańska.
W XVI w. po reformie klasztoru zostały w lubelskim konwencie tylko same siostry. Każda ksieni otaczała wielką troską zakrystię i skarbiec.
Od połowy XVI w. oprócz przeorów w sprawach ważniejszych występują także ksieni. Po usunięciu z klasztoru zakonników ksieni zarządzała klasztorem w występowała w jego imieniu.
Pod wpływem ustaw synodu trydenckiego zostało zreformowane życie zakonne. Powstawały nowe klasztory a istniejące przechodziły gruntowną reformę. W Polsce zostały zamknięte klasztory w Gdańsku i Elblągu. Pozostał jedyny na ziemiach polskich klasztor Brygidek w Lublinie.
Reforma klasztoru lubelskiego rozpoczęła się od zlikwidowania zakonników, a pozostawienia w klasztorze tylko zakonnic, od wyrobu nowej ksieni, którą została Agnieszka Jastkowska wybrana w r. 1589 w miejsce dawnej ksieni Elżbiety Skowieskiej i dokonania wizytacji kanonicznej klasztoru między 1591-1596 przez jednego z najgorliwszych ówczesnych biskupów polskich, Jerzego kardynała Radziwiłła, biskupa krakowskiego.
Rządy ksieni Agnieszki Jastkowskiej rozpoczęły nowy okres w dziejach klasztoru i były czasem jego najświetniejszego rozwoju zarówno pod względem materialnym jak i moralnym. Ponieważ z powodu usunięcia zakonników służba Boża w kościele się zmniejszyła, ksieni zorganizowała fundusz na utrzymanie 4 kapłanów oraz kaznodziei, spowiednika, kantora, organisty i zakrystianina.
Klasztor lubelski zyskał wielki rozgłos. Wstępowały do niego córki z najpierwszych i najmożniejszych domów polskich. Blisko 80 ich przyjęła do zakonu ksieni Agnieszka Jastkowska. Osiadały przy klasztorze przed końcem życia pobożne i znakomite matrony, które za wielkie szczęście uważały dokończyć swego żywota przy klasztorze i w jego podziemiach złożyć swe doczesne szczątki.
W XVII w. założono klasztory Brygidek we Lwowie, Samborze, Sokalu, Pipiu, Warszawie, Brześciu, Łucku i Grodnie. Ksieni lubelskiego klasztoru wysyłała na te nowe fundacje zakonnice celem zorganizowania ich i urządzenia według reformy przeprowadzonej w lubelskim klasztorze. Wspomniane fundacje powstały za życia ksieni Agnieszki Jastkowskiej, która była mistrzynią życia duchowego, prawdziwą matką i dobrodziejką klasztoru.
Rządy ksieni Doroty Firlejówny były do roku 1648 dalszym ciągiem pomyślnego pod każdym względem bytu klasztoru Brygidek w Lublinie. Po wstąpieniu do zakonu była wychowywana przez ksieni Agnieszkę Jastkowską, która przygotowała ją do pełnienia tak odpowiedzialnego stanowiska. Gorliwa o chwałę bożą i dobro zakonu starała się o ścisłe zachowanie reguły i ustaw zakonnych. Dzięki jej zaangażowaniu wiele dziewcząt najzamożniejszych domów polskich zapragnęło wstąpić do lubelskiego klasztoru. Dokończyła budowę klasztoru i cały klasztor wygodnie i ozdobnie urządziła. Postarała się o odzyskanie niektórych posiadłości klasztornych.
Szczególnie zajmowała się ozdobą świątyni pańskiej, w której prowadziła prace restauratorskie, ozdabiała ołtarze, obrazy, naczynia i szaty kościelne. W czasach Jana Kazimierza zmuszona była trzykrotnie uciekać z zakonnicami ze swego klasztoru i szukać schronienia.
W 1648 roku na wieść o buncie kozackim, spustoszeniem kraju i okrucieństwie hord kozackich, tatarskich i chłopskich razem z całym, zgromadzeniem opuściły klasztor zabierając ze sobą cenniejsze przedmioty kościelne i klasztorne.
9 stycznia 1649 roku ksieni powróciła do lubelskiego klasztoru. W czasie tułaczki urządzała porządek życia klasztornego, a swoją cierpliwością w znoszeniu trudów i niedostatku budowała siostry i postępowała wobec nich z prawdziwie matczyną miłością i troskliwością.
1655 – druga ucieczka z klasztoru. Zatrzymała się we wsi Jastków. Niespodzianie siostry zostały napadnięte przez Kozaków i Moskali. Zaledwie zdołała z zakonnicami ujść z życiem. Wozy z kosztownymi naczyniami i wyposażeniem skarbca przechwycił nieprzyjaciel i wszystko zrabował. Klasztor został zrabowany i zniszczony, a 4 siostry które w nim zostały zamordowano. Wynajęła więc dla sióstr pomieszczenia w kamienicy obok kościoła oo. Dominikanów. Część sióstr pozostała w tej kamienicy, a niektóre razem z nią udały się do Zamościa zabierając ze sobą nieliczne już kosztowności ze skarbca oraz uratowaną część przywilejów i ksiąg klasztornych. Zmarła 24 stycznia 1660r.
1660-1688 rządy sprawuje ksieni Wiktoryna Niemierzanka. Została opustoszałe wsie i folwarki klasztorne, wiele gruntów podmiejskich musiała odzyskać. Postarała się aby król Jan Kazimierz zatwierdził wszystkie wcześniejsze przywileje. Dbała o chwałę Bożą i świątynię Pańską, prowadząc nabożeństwa w całej okazałości. Odznaczała się wielu cnotami, którymi jaśniała i pociągała ku sobie, aniżeli wysokim rodem z jakiego pochodziła. Do zakonu zostały przyjęte m.in. Teresa Zydkiewiczówna, Barbara Kossowska, Elżbieta Sarbiewska, wojewodzianka mazowiecka, Katarzyna Podlodowska, Maryanna Oborska, Anna Chrząstowska, Konstancya Magnuszewska, Joanna Dzierżkówna, Maryanna Świętopełkówna, księżniczka Czetwertyńska, Zofia Gniewoszówna, Helena Rzeczycka. Zmarła 30 maja 1688 r.
1688-1708 rządy ksieni Maryanny Oborskiej. Klasztor przeżywa trudne czasy spowodowane m.in. drugim najazdem Szwedów. Wioski klasztorne zostały spustoszone, klasztor obłożony kontrybucjami. Gdy zabrakło pieniędzy na kontrybucje trzeba było sprzedawać kosztowne naczynia kościelne. Ksieni, która była dobrym gospodarzem odbudowała folwarki klasztorne, zwiększyła z nich dochody i dokupiła kilka kawałków ziemi. Do klasztoru przyjęła 16 panien z domów szlacheckich i pański. Do Zakonu wstąpiły: Teofila Gołuchowska, córka Abrahama Gołuchowskiego, podkoniuszego WXL, Teofila Dłużewska, Anna Kuczyńska, Teresa Gołuchowska, starościanka radomska, Barbara Połubińska, córka Regimina Połubińbińskiego, wojewodzina nowogrodzkiego, Rozolia Swęderska, córka Stanisława cześnika łomżyńskiego, Maryanna Słoniowska, chorążanka bydgoska, Teresa Pieniążkówna. Ksieni Maryanna Oborska zmarła 6 marca 1708 r.
1708-1719 rządy ksieni Teofilii Gołuchowskiej. Po potopie Szwedzkim w kraju trwał wielki niepokój. Wojska saskie i konfederackie niszczyły kraj. Do tego należy dołączyć jeszcze trzykrotną plagę powietrza, która objęła Lublin i okolicę. Folwark i wioski klasztorne straciły bardzo dużo ludzi. Ratując siebie i siostry ksieni opuściła klasztor i szukała schronienia w innych regionach kraju. Po powrocie do klasztoru przeprowadziła prace przy kościele, sprofanowanych grobach i zabudowaniach klasztornych. Przyjęła do zakonu 6 osób. Przekroczyły próg klasztorny: Krystyna Nenchowna, podkomorzanka inflancka, Antonina Brodowska, podstolanka Racławska, Teofila Krasewiczowna, Kunegunda Swęderska, cześnikówna łomżyńska, Anna Ryszkowska, podczaszanka łukowska, Barbara Młodyńska.
1720-1737 – ksieni Teofila Dłużewska. Po okresie zawirowań społeczno-politycznych w kraju ksieni odnowiła zasady życia klasztornego i wspólnotowego. Wprowadziła także porządek w nabożeństwach. Zniosła wszelkie nadużycia i usterki w klasztorze przywracając reformę zaprowadzoną w końcu XVI w. za rządów ksieni Agnieszki Jastkowskiej. Podniosła dochody klasztoru. Przeprowadziła prace porządkowe w kościele i klasztorze. Odrestaurowała klasztor po pożarze w 1736 r. Do Zakonu przyjęła 22 osób, min. Franiszka Piasecka, Konstacya Teofila Zapolska, Petronella Męcińska, Teresa Giełbotowska, Brigitta Młodziankowska, Ewa Gerwaska, Ludwika i Konstancya Rzewuskie, Barbara z Dzików Przystawska, Maryanna Węgleńska, Barbara Ratyńska, Maryanna Jezierska. Zmarła 15 czerwca 1737 r.
1737-1767 – rządy ksieni Rozalii Swęderskiej. Długoletnia mistrzyni duchowa młodych zakonnic. Utwierdzała życie zakonne swoją pracowitością, pobożnością i wypełnianiem obowiązków zakonnych przewidzianych regułą. Za jej rządów klasztor lubelski cieszył się bardzo dobrą opinią wśród społeczeństwa i przełożonych. Zwolenniczka ubóstwa zakonnego. Poświęciła wiele sił i zaangażowania w obronie własności klasztornej. Za czasów swego urzędowania przyjęła do zakonu 18 osób. Oto niektóre imiona i nazwiska: Ewa Parysówna, Julianna Zyrzyńska, Katarzyna Kochowska, Wiktorya Iżycka, Katarzyna Gniewkowska, Anna Rusiecka, Zofia Grabowska, Teresa Marchocka, Katarzyna Wybranowska, skarbnikówna lubelska, Wiktorya Gruszecka, miecznikówna nowogrodzka, Teofila Kuczewska, łowczanka bielska. Zmarła po ciężkiej chorobie dn. 24 listopada 1767 r.
1768-1791 – ksieni Maryanna Jezierska. Rządziła klasztorem w trudnych czasach, pełnych niepokoju i pierwszego rozbioru Polski. Część majątku klasztornego została zagrabiona przez Austriaków, a klasztor musiał wywiązywać się z nałożonych kontrybucji. Ksieni cechowała się pobożnością, cierpliwością w przeciwnościach i wielkim umiłowaniem życia zakonnego, roztropnością, wyrozumiałością i troskliwością o powierzone siostry. Dobre relacje z rodzinami sióstr ułatwiały jej często realziację trudnych zadań związanych z zarządzaniem klasztorem. Zmarła w 1791 r. Do zakonu przyjęła 16 panien. Próg klasztorny przekroczyły m.in. Helena Brzezańska, Franciszka Ruszkowska, Maryanna Milkiewiczówna, Justyna Mysłowska, Franciszka Żebrowska, Aniela Szmurłówna, Józefa i Ludwika Latyszkiewiczówny, Eleonora Hordyńska, Małgorzata Laska, Antonilla Dąbrowska, łowczanka podlaska, Barbara Brodowska, Tekla Siemaszkówna, Agnieszka Wajewska, Tekla Kołaczyńska, Franciszka i Barbara Dobrzyńskie, siostry, miecznikówny stężyckie.
1791-1814 – czasy ksieni Teofili Kuczewskiej i 1814-1818 ksieni Maryanny Milkiewiczówny. Klasztor powoli chyli się ku upadkowi. Rząd Księstwa Warszawskiego wprowadził ograniczenia w przyjmowaniu nowych panien do klasztoru, a to wpłynęło na zmniejszenie się liczby zakonnic. W latach 1795-1808 zmarło 18 zakonnic, a przyjęto tylko 10.
1797 r. z rozkazu rządu austriackiego sporządzono inwentarz kościoła Brygidek. Wraz ze śmiercią ostatniej ksieni Brygidek w 1870 r. zaginęło nieliczne już wyposażenie klasztornego skarbca.
W klasztorze lubelskim zarządzanym przez Brygidki istniało przy kościele bractwo ubogich, mające na celu niesienie pomocy materialnej i moralnej ludziom ubogim.
Pomimo podatków i ciężarów publicznych ksieni Kuczewska prowadziła prace remontowe przy klasztorze, wymieniła m.in. dach i odnowiła wnętrze. Zmarła 29 kwietnia 1814 r. Następczyni na urzędzie ksieni Maryanna Milkiewiczówna pełni zbyt krótko ten urząd, aby wymieniać jej zasługi. Po czteroletnim pełnieniu urzędu ksieni zmarła 3 stycznia 1818 r. Bóg jej oszczędził boleści, skracając życie, że nie patrzyła na powolną śmierć zgromadzenia, które niebawem dotknęła kasata.
1818 r. skasowano klasztor Brygidek w Lublinie, majątek przejął skarb państwa a zakonnicom, które pozostawiono do wymarcia wyznaczono niewielkie pensje.
14 lutego 1818 r. zakonnice w liczbie 16 sióstr wybrały na urząd ksieni Barbarę Brodowską. W roku następnym została ogłoszona i wykonana, a supresya klasztoru, wskutek czego dobra ziemskie przejęte przez rząd a zgromadzenie zakonne zostało pozostawione w murach klasztoru do wygaszenia. Klasztor też otrzymał zakaz przyjmowania kandydatek do zakonu. Na prośbę biskupa Skarszewskiego nie potrącano 1/3 części dochodu na fundusz religijny. Lubelski klasztor w 1821 r. przyjął też 2 zakonnice z klasztoru w Warszawie, który został zlikwidowany. Te podejmowane działania nie wpłynęły jednak na powstrzymanie od upadku klasztoru. Od 1808 r. klasztor lubelski nie wychował ani jednej osoby w nowicjacie. 28 lipca 1832 r, w dniu śmierci ksieni Barbary Brodowskiej w zakonie pozostało tylko 8 sióstr.
9 maja 1833 r. Grono sióstr w lubelskim klasztorze wybiera nową ksieni. Zostaje nią, jedna z młodszych sióstr Dorotę Choińską, którą ówczesny biskup Józef Marcelin Dzięcielski w dniu 14 października 1833 r. wprowadził na urząd ksieni. Była to już ostatnia ksieni i ostatnia żyjąca siostra zakonu Brygidek w Lublinie. W czasie jej rządów w 1835 r. do klasztoru Brygidek zostają przeniesione siostry Wizytki, a Brygidkom wyznaczono niewielką przestrzeń w istniejącym klasztorze i ogrodzie, a na utrzymanie przeznaczono niewielką pensję. W dość trudnych i przykrych warunkach przeszło żyć Brygidkom i powoli wygasać szczątki licznego niegdyś i zamożnego zakonu. Dopóki tylko żyły starały się zachować swoje zwyczaje zakonne i odprawiać swoje modlitwy i nabożeństwa w kościele, w tym przodowała ksieni Dorota Choińska. Ostatnia ksieni zakonu Brygidek była świadkiem kolejnych zgonów sióstr a w 1864 r. ogólnej ruiny klasztoru i życia zakonnego w kraju. 26 listopada 1865 r. pożegnała ostatnią ze swych sióstr zakonnych, Barbarę Dobrzyńską, miecznikównę stężycką. Ostatnie 5 lat przeżyła w osamotnieniu i namaszczona sakramentami świętymi przeniosła się do wieczności 15 marca 1870 r. Jej doczesne szczątki spoczęły w krypcie kościoła. Taki był koniec fundacji króla Władysława Jagiełły, którą przypominała o zwycięstwie nad Krzyżakami na polach Grunwaldu.