W czasie prac renowacyjnych dzięki badaniom georadarowym, stwierdzono pod posadzką kościoła dziewięć krypt. Cztery z nich można dziś oglądać. Dwie dzięki specjalnym przeszkleniom (zlokalizowane są w nawie bocznej i kaplicy Grunwaldzkiej) oraz dwie w nawie głównej do których można wejść.
Pierwsza krypta obecnie rozparta jest pomiędzy fundamentami łuku tęczowego, wzniesionego z białego kamienia. Po prawej stronie stoją zrekonstruowane trumny z epitafiami Gabryeli Łucji Krukowiec (Wizytki) i ostatniej Ksieni Zakonu Brygidek Doroty Moińskiej (Brygidki) która przeżyła 101 lat! Nowo wybudowane przejście prowadzi do kolejnej krypty. To największa sala podziemna, gdzie składano zmarłych. Obecnie znajduje się tu ekspozycja prezentująca dzieje świątyni oraz pochowanych w niej sióstr zakonnych.
Po lewej stronie ustawione są trzy tablice szklane. Na pierwszej z nich znalazły się epitafia z trumien wydobytych w czasie prac archeologicznych. Te, które zachowały się w pełnym brzmieniu, a pierwotnie były umieszczane na bokach trumien sióstr Wizytek przytoczono z zachowaniem stylu pisma, oryginalnego brzmienia a nawet błędów ortograficznych i literowych. Należy zwrócić uwagę, że wszystkie napisy żałobne Wizytek zostały skonstruowane w myśl tego samego schematu: na początku pada zwrot ta ukochana/ kochana siostra, po czym podawane jest imię i nazwisko zmarłej, a następnie data śmierci, zaczynająca się od słów dokończyła/dokonała biegu życia swego. Dalej umieszczony jest zwrot profesyi świętej oznaczającej ilość lat spędzonych w zakonie. Epitafia kończą się zawsze sformułowaniem zostawiła nam wonność cnót swoich. Od tej reguły odbiega pierwsze epitafium – Doroty Moińskiej, ostatniej ksieni, przełożonej zakonu brygidek, który zarządzał obiektem przez ponad 400 lat.
Na tablicy po prawej stronie umieszczono epitafia i ich fragmenty, które nie zachowały się w pełnej formie.
Na środkowej tablicy zaprezentowano schematyczny zapis funkcji i dziejów kościoła. Kolor jasnoniebieski oznacza przebieg współczesnych murów kościoła i rektoratu. Spod niego wyłania się granatowy obrys świątyni z pierwszej fazy czyli z drugiej połowy XIV wieku, a więc z czasów poprzedzających fundację Władysława Jagiełły. Na północ od korpusu kościoła, wykreślony zostały przebieg murów ogrodzeniowych. Ten, bardziej po lewo, wyznacza zasięg własności zakonnej i cmentarza. Po środku, od kaplicy Grunwaldzkiej, ku górze wybiega mur oddzielający przestrzeń grzebalną od ogrodów męskiej części zgromadzenia św. Brygidy. W prawym, górnym narożniku tablicy, pod murami rektoratu kolorem ciemnozielonym oznaczono fragment podpiwniczenia, które wiązać można z gotycką siedzibą mnichów zakonu Św. Brygidy.
We wnętrzu kościoła wykreślono różnobarwne figury. Czerwone prostokątyoznaczają zasięg krypt, gdzie prowadzono eksplorację pochówków, zaś pomarańczowe informują o lokalizacji innych krypt, które zostały zinwentaryzowane. Do tego należy dołączyć lokalizację tumb grobowych – oznaczonych jako fioletowe prostokąty. W wieży, nawie głównej i bocznej brązowymi krzyżykami wyrysowany został zasięg grobów ziemnych.
W gablotach umieszczone zostały dewocjonalia – medaliki i krzyżyki. Wszystkie zostały znalezione w kryptach. Nad każdym zabytkiem umieszczonym w gablocie znajduje się zdjęcie awersu i rewersu.
W gablotach dominuje wizerunek św. Ignacego Loyoli, założyciela zakonu Jezuitów. Św. Ignacy Loyola, często przedstawiany jest na jednym medaliku ze św. Franciszkiem Ksawerym – współzałożycielem zakonu jezuitów.
W drugiej gablocie, oprócz owalnych medalików zobaczymy także egzemplarz w kształcie tarczy. Na nim znajduje się wizerunek Maryi z Jezusem oraz Świętego Leonarda z Limoges – rycerza i pustelnika. Poniżej umieszczony został zabytek opisany jako „cudowny medalik”, nazywany także jako Medalik Niepokalanego Poczęcia.
Stojąc przed ostatnią z gablot prezentującą medaliki dostrzegamy wiele wizerunków maryjnych: Matka Boża Jarosławska, Matka Boża Wniebowzięta, „cudowny medalik”, Maryja z Jezusem, Matka Boża Różańcowa, Matka Boża Berdyczowska, Matka Boża Częstochowska, Matka Boża Poczajowska, Matka Boża Tafferi – zwana również Pietą. Na rewersie tego, ostatniego zabytku widnieje postać św. Jana Nepomucena praskiego kanonika i męczennika z końca XIV wieku.
W ostatniej gablocie umieszczono krzyżyki i ich ozdobne fragmenty oraz postacie Chrystusa. Wśród tych zabytków spotkamy formy wykonane z popularnych i tanich metali – miedzi oraz brązu. Obok nich połyskują egzemplarze odlane ze srebra. Najbardziej niezwykłym przedmiotem jest krzyż z podwójnym ramieniem – patriarchalny, nazywany także caravacca od miasta o tej samej nazwie w południowo-wschodniej Hiszpanii.
Dalej, pod łukiem sklepienia, za przeszkleniem umieszczono zrekonstruowane habity, w których pochowane zostały siostry Brygidki. Na głowie, zamiast welonu, znajduje się typowa tylko dla tego zgromadzenia korona. Same stroje są bardzo zgrzebne i niesłychanie mocno znoszone. Przyglądając się dokładniej dostrzeżemy jak wiele razy były one łatane. Fragmenty oryginalnych habitów zostały poddane konserwacji i umieszczone na współczesnym materiale. Na szyi jednego z manekinów zawieszony jest drewniany krzyżyk z postacią Chrystusa.
W kolejnej gablocie, po lewej stronie umieszczono wianek grobowy wkładany na głowę osobom, które zmarły jako niewinne. Ten egzemplarz pochodzi z grobu młodej dziewczyny, wykonany jest ze srebrnych drutów i wstęg. Pierwotnie przyozdobiony był w bardzo filigranowe kwiatki, ale nie wytrzymały one próby czasu, dlatego do rekonstrukcji wykorzystano współcześnie wykonane płatki.
W ostatniej gablocie zaprezentowano przedmioty wykonane ze skóry i metalu. Wśród nich najwięcej pasów i klamer. Obok na podwyższeniu umieszczone zostały zawieszki mogące tkwić przy księgach. Dalej jest obrączka srebrna z grawerowaną inskrypcją, mosiężne okucie pasa z gotyckim napisem. Warto zwrócić uwagę na pieczęć herbową w formie niewielkiego stempla.
EKSPOZYCJA ARCHEOLOGICZNA W KAPLICY GRUNAWLDZKIEJ**(ŚW. JUDY TADEUSZA)**
Krypta w kaplicy Grunwaldzkiej (kaplica św. Judy Tadeusza) wyróżnia się na tle pozostałych kamienną konstrukcją ścian i sklepień. Jednak zejście tu, z racji gabarytów, jakiejkolwiek osoby byłoby niebezpieczne, czy wręcz niemożliwe. Dlatego uczytelniony i zakonserwowany korytarz wejściowy przykryty został taflą szklaną, przez którą możliwy jest wgląd do wnętrza pomieszczenia. Odpowiednie podświetlenie, z perspektywy posadzki świątyni pozwala dostrzec kunszt kamieniarski mistrzów, którzy wznieśli tę salę.
W ramach aranżacji wnętrza krypty umieszczono trumny. W tej sali spoczywały sarkofagi sióstr Wizytek – wobec braku dobrze zachowanych trumien, zostały umieszczone rekonstrukcje wraz z odtworzeniem epitafiów. Na jednym poziomie ustawiono dwa pochówki, tak jak to zarejestrowano w czasie prac archeologicznych. Umieszczono kamery, która umożliwia dokładniejsze oglądanie wnętrza. Monitor jest zlokalizowany w wieży kościoła.
EKSPOZYCJA ARCHEOLOGICZNA KRYPTY W NAWIE BOCZNEJ
Ostatnią krypta, którą można została przeznaczona na cele wystawiennicze, jest krypta w nawie bocznej. W czasie prac archeologicznych zostało odsłonięte wejście do niej, a w dalszej kolejności wybrana była ziemia przemieszana z gruzem, która wypełniała całą podziemną przestrzeń. Poniżej niej, nadal zalega poziom lessu przemieszanego ze szczątkami ludzkimi oraz elementami wyposażenia trumien.
W trakcie prac archeologicznych odsłonięta została także klatka schodowa, dla potrzeb ekspozycji, historyczne wejście zostało odpowiednio zabezpieczone i wzmocnione. Natomiast we wnętrzu wystawiono zrekonstruowane trumny sióstr Brygidek oraz Wizytek. Kondycja sarkofagów nie pozwalała na ich konserwację i przeznaczenie do celów ekspozycyjnych. Jednak zebrane dane pozwoliły na wykonanie ich wiernych kopii, łącznie z odtworzeniem kształtu oraz sposobu zdobienia, w tym szczególnie epitafiów. Z uwagi na ilość miejsca oraz dostępność dla turystów wyeksponowano trzy trumny, które można dostrzec z powierzchni kościoła.